En la Capilla Mayor se alza, presidiendo la nave central del templo, el retablo mayor realizado por Manuel del Álamo en el último tercio del s. XVII y dorado por Manuel Pancorbo en 1741. Su cuerpo principal se articula en unas majestuosas columnas salomónicas, y su ático se ajusta a la forma ojival de la bóveda, ya que es esta de las pocas que se conservan de la etapa gótica de la catedral.
En él, encontramos representaciones de San Juan Bautista, San Pedro, Santiago apóstol, San Juan Evangelista y San Eufrasio, patrón de la diócesis de Jaén.
En el espacio donde se ubica el Sagrario, se encuentran los restos de San Pedro Pascual, que fueron trasladados de la Puerta de la Luna a la Capilla Mayor en 1734.
A la derecha del retablo, sobre una columna, podemos contemplar una bella imagen de Virgen con niño, fechada en finales del siglo XVI, antiguamente se encontraba en el trascoro.