La nave del Evangelio cuenta con una gran riqueza patrimonial, empezando por la Capilla de don Pedro Díaz de Quesada, donde se encuentra una copia del famoso cuadro de Rafael Sanzio “El pasmo de Sicilia”.
La Capilla de San Miguel es una de las construidas por Andrés de Vandelvira, donde también trabajaron Ginés Martínez de Aranda y Bartolomé Gómez. Cuenta también con un lienzo de San Miguel arcángel, obra de Francisco Pancorbo (siglo XVIII). Más adelante, podemos ver la Capilla de San José, donde se percibe la influencia de la escuela de Siloé.
Frente a la majestuosa Capilla de Santiago, de estilo manierista, se encuentra el púlpito, desde el que predicaron San Vicente Ferrer, San Juan de Ávila y quizás San Juan de la Cruz.