La primera estancia en la que nos encontramos al acceder al Museo es la Sala Capitular, en la que se recogen algunas piezas de interés como la Tabla del Calvario atribuida a la escuela de Juni o relieves de la silla episcopal del antiguo coro.
A la derecha, se encuentra la biblioteca, y a la izquierda, encontrará la sala del museo con multitud de libros corales de gran antigüedad, piezas de orfebrería, óleos y casullas.
En la tercera sala, dos tablas representan a San Pedro y San Pablo. Fueron pintadas por Antón Becerra, padre del reconocido artista baezano Gaspar Becerra. También podrá observar, en un imponente relicario, un fragmento del Lignum Crucis, la cruz de Cristo.